Während sich die amerikanische und die europäische Nintendo Classic Mini: Super Nintendo Entertainment System nur äußerlich unterschiedengibt es bei der japanischen Auswahl ein paar kleine Unterschiede. Hier die Liste des japanischen Systems:

- Contra III The Alien Wars (hierzulande ursprünglich als  Super Probotector: Alien Rebels erschienen)
- Donkey Kong Country (in Japan Super Donkey Kong)
- Final Fantasy III (Final Fantasy VI in Japan)
- F-Zero
- Fire Emblem: Mystery of the Emblem
- Kirby Super Star
- The Legend of Zelda: A Link to the Past
- Mega Man X (Rockman X in Japan)
- Panel de Pon (Tetris Attack im Westen)
- Secret of Mana
- Star Fox(aka Starwing)
- Star Fox 2 (bisher unveröffentlicht)
- Super Street Fighter II: The New Challengers
- Super Formation Soccer
- Super Ghoulsn Ghosts
- Super Mario Kart
- Super Mario RPG: Legend of the Seven Stars
- Super Mario World
- Super Metroid
- The Legend of the Mystical Ninja
- Super Mario World 2: Yoshis Island (Yoshis Island in Japan)

Die Unterschiede hierbei sind die Japan-exklusiven Titel Fire Emblem: Mystery of the Emblem, Super Formation Soccer und Panel de Pon (wobei mit Tetris Attack eine abgewandelte Form existiert hätte) so wie Street Fighter II: The New Challengers, Super Formation Soccer and The Legend of the Mystical Ninja.
Dafür fehlen in Japan Titel wie Earthbound (in Japan Mother 2), Kirby`s Dream Course, Street Fighter II: Turbo, Super Castlevania VI und Super Punch-Out!!.