Materialien kann man in der Regel bedenkenlos verkaufen, da man diese nicht wie bei MOnster HUnter oder Etrian Odyssery o.ä. für neue Ausrüstungsgegenstände benötigt.
Ein rotes Ausrufezeichen rechts neben dem jeweiligen Item markiert Materialien und Sammel-Items, die für eine laufende Quest benötigt werden, ein blaues markiert jene Items, von denen dir dein Monado eine Vision erschied, dass diese für eine kommende Quest benötigt werden. Diese solltest du also auf jeden Fall behalten!
Man sollte aber generell etwas kniepig mit den Items umgehen, da...
...die für den Wiederaufbau der Kolonie 6 benötigten Items leider nicht immer markiert werden.
Desweiteren kannst du beide Item-Typen zum Tauschen mit NPCs nutzen. Und Sammel-Items kannst du innerhalb der Party verschenken, um die Sympathien zueinander zu erhöhen.